Daniela Elizabeth Ledezma Tejeida | Centro de Ciencias Genómicas

Inv. Tit. A T.C. Obra Det.

Semblanza

Daniela Ledezma Tejeida estudió la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM. Durante sus estudios realizó estancias de investigación en el Instituto de Biotecnología de la UNAM identificando blancos de miRNAs en Arabidopsis thaliana. En 2010 realizó su tesis de licenciatura estudiando el efecto de la subexpresión de oncogenes en cáncer linfático en el laboratorio del Dr. Scott Lowe en Cold Spring Harbor Laboratory, en Nueva York. Permaneció en este centro durante otro año como asistente de investigación, donde se interesó particularmente en el gran impacto que pequeñas variaciones en la regulación transcripcional pueden tener en el metabolismo.

Para desarrollar este interés volvió al Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM a realizar un doctorado en Ciencias Biomédicas en el laboratorio del Dr. Julio Collado Vides, lugar que hospeda a la base de datos de regulación transcripcional mejor anotada del mundo, y donde Daniela cuantificó el impacto en el metabolismo que tiene cada factor de transcripción en Escherichia coli. La principal contribución de su tesis de doctorado fue demostrar que, contrario al paradigma establecido por Jacob & Monod, 75% de los Factores de Transcripción en E. coli regulan genes cuyas funciones no están relacionadas.

En 2019 obtuvo una ETH Postdoctoral Fellowship del Instituto Tecnológico de Zúrich (ETH por sus siglas en alemán), en Suiza, para investigar más a fondo por qué genes con funciones no relacionadas son coregulados, y utilizar técnicas de integración de datos masivos para identificar metabolitos que se unen a Factores de Transcripción. Desarrolló esta investigación en el Instituto de Biología Molecular de Sistemas de ETH, en el laboratorio del Dr. Uwe Sauer, uno de los principales desarrolladores de la metabolómica en el mundo, hasta principios de 2023. Ahí, Daniela también participó en colaboraciones enfocadas a estudiar el intercambio metabólico entre bacterias en nichos con pocas fuentes de carbono disponibles. Actualmente, su laboratorio se enfoca en identificar principios generales de la relación entre la regulación transcripcional y el metabolismo en bacterias. Además de investigadora, Daniela es instructora de yoga e impulsora de la salud mental y la inclusión en academia.

Estudiantes interesados en realizar proyectos computacionales y/o experimentales son bienvenidos. La mejor forma de contacto es por correo electrónico.

Ligas

https://sites.google.com/ccg.unam.mx/ledezma-tejeida-lab/home
Google Scholar
Scopus

Teléfono: (777) 3132063
Correo: [email protected]

Publicaciones

Año	Publicación	PMID
2024	Salgado, H., Gama-Castro, S., Lara, P., Mejia-Almonte, C., Alarcón-Carranza, G., López-Almazo, A.G., Betancourt-Figueroa, F., Peña-Loredo, P., Alquicira-Hernández, S., Ledezma-Tejeida, D., Arizmendi-Zagal, L., Mendez-Hernandez, F., Diaz-Gomez, A.K., Ochoa-Praxedis, E., Muñiz-Rascado, L.J., García-Sotelo, J.S., Flores-Gallegos, F.A., Gómez, L., Bonavides-Martínez, C., Del Moral-Chávez, V.M., Hernández-Alvarez, A.J., Santos-Zavaleta, A., Capella-Gutierrez, S., Gelpi, J.L., Collado-Vides, J.. (2024). *"RegulonDB v12.0: a comprehensive resource of transcriptional regulation in E. coli* K-12.".** Nucleic Acids Research. 52(D1):255-264. [doi:10.1093/nar/gkad1072]	37971353
2022	Femerling, G., Gama-Castro, S., Lara, P., Ledezma-Tejeida, D., Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado, L., Bonavides-Martínez, C., Collado-Vides, J.. (2022). *"Sensory Systems and Transcriptional Regulation in Escherichia coli* .".** Frontiers in bioengineering and biotechnology. 10():-. [doi:10.3389/fbioe.2022.823240]	35237580
2019	Ledezma-Tejeida D, Altamirano-Pacheco L, Fajardo V, Collado-Vides J. (2019). *"Limits to a classic paradigm: most transcription factors in E. coli* regulate genes involved in multiple biological processes.".** Nucleic Acids Research. 47(13):6656-6667. [doi:10.1093/nar/gkz525]	31194874
2019	Santos-Zavaleta, A., Salgado, H., Gama-Castro, S., Sánchez-Pérez, M., Gómez-Romero, L., Ledezma-Tejeida, D., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Muñiz-Rascado, L.J., Peña-Loredo, P., Ishida-Gutiérrez, C., Velázquez-Ramírez, D.A., Del Moral-Chávez, V., Bonavides-Martínez, C., Méndez-Cruz, C.F., Galagan, J., Collado-Vides, J.. (2019). *"RegulonDB v 10.5: tackling challenges to unify classic and high throughput knowledge of gene regulation in E. coli* K-12".** Nucleic Acids Research. 47(D1):212-220. [doi:10.1093/nar/gky1077]	30395280
2018	Balderas-Martinez, Y. I., Moreno-Quiroga, B., Negreros, M., Ledezma-Tejeida, D., Pardo, A., Collado-Vides, J., Selman, M.. (2018). "Proof of Concept of Eukaryotic Genetic Sensory Response Units in TGF-beta Signaling in Idiopathic Pulmonary Fibrosis". AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE. 197():-.
2017	Ledezma-Tejeida D, Ishida C, Collado-Vides J. (2017). *"Genome-wide mapping of transcriptional regulation and metabolism describes information-processing units in Escherichia coli".* Frontiers in Microbiology. 8(AUG):1466-1466. [doi:10.3389/fmicb.2017.01466]	28824593
2016	Moretto, M., Sonego, P., Dierckxsens, N., Brilli, M., Bianco, L., Ledezma-Tejeida, D., Gama-Castro, S., Galardini, M., Romualdi, C., Laukens, K., Collado-Vides, J., Meysman, P., Engelen, K.. (2016). "COLOMBOS v3.0: Leveraging gene expression compendia for cross-species analyses". Nucleic Acids Research. 44(D1):620-623. [doi:10.1093/nar/gkv1251]	26586805
2016	Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]	26527724
2014	Meysman, P., Sonego, P., Bianco, L., Fu, Q., Ledezma, D., Gama, M., Liebens, V., Laukens, K., Marchal, K., Collado, P., Engelen, K.. (2014). "COLOMBOS v2.0: An ever expanding collection of bacterial expression compendia". Nucleic Acids Research. 42(D1):649-653. [doi:10.1093/nar/gkt1086]	24214998