José Utrilla Carreri | Centro de Ciencias Genómicas

Inv. Tit. A T.C. Definitivo

Semblanza

El Dr. José Utrilla Carreri es Ingeniero bioquímico de formación, realizó sus estudios doctorales en el grupo de Ingeniería Metabólica del Instituto de Biotecnología de la UNAM. Experto en ingeniería metabólica, biología de sistemas y sintética. Ha llevado a cabo la generación de cepas de producción y su aplicación en procesos a nivel piloto con la colaboración de industrias nacionales. Llevó a cabo una estancia postdoctoral en el grupo de biología de sistemas de la Universidad de California en San Diego bajo la dirección del Prof. Bernhard O Palsson, donde estudió las relaciones genotípo-fenotípo con la ayuda de modelos computacionales a escala genómica en cepas de Escherichia coli obtenidas por evolución adaptativa. En noviembre del 2014 se incorporó al Centro de Ciencias Genómicas como investigador Asociado “C”, es miembro del Sistema Nacional de Investigadores nivel I, y es tutor del posgrado en ciencias biomédicas de la UNAM. Actualmente dirige tesis de licenciatura, maestría y doctorado. Sus temas específicos de investigación incluyen el diseño de herramientas computacionales a escala genómica para la optimización de cepas microbianas de producción. El diseño de fenotipos sintéticos a traves de la manipulación de la red de regulación. La ingeniería de las maquinarias transcripcional y traduccional de Escherichia coli para la distribución de recursos celulares a funciones sintéticas. El Dr. Utrilla también está involucrado en varias colaboraciones para desarrollar nuevos organismos como chasis de producción, en aplicaciones multi-escala de biología sintética y en la investigación del uso de fuentes de carbono alternativas para la bioproducción sustentable de diversos químicos.

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Publicaciones

Año	Publicación	PMID
2024	Bedoya-Pérez, L.P., Aguilar-Vera, A., Sánchez-Pérez, M., Utrilla, J., Sohlenkamp, C.. (2024). *"Enhancing Escherichia coli* abiotic stress resistance through ornithine lipid formation.".** Applied Microbiology And Biotechnology. 108(1):-. [doi:10.1007/s00253-024-13130-5]	38587638
2024	Amaro-Reyes, A., Marcial-Ramírez, D., Vázquez-Landaverde, P.A., Utrilla, J., Escamilla-García, M., Regalado, C., Macias-Bobadilla, G., Campos-Guillén, J., Ramos-López, M.A., Favela-Camacho, S.E.. (2024). "Electrostatic Fermentation: Molecular Response Insights for Tailored Beer Production.". Foods. 13(4):-. [doi:10.3390/foods13040600]	38397576
2024	Lara, A.R., Utrilla, J., Martínez, L.M., Krausch, N., Kaspersetz, L., Hidalgo, D., Cruz-Bournazou, N., Neubauer, P., Sigala, J.C., Gosset, G., Büchs, J.. (2024). "Recombinant protein expression in proteome-reduced cells under aerobic and oxygen-limited regimes.". BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING. ():-. [doi:10.1002/bit.28645]	38178599
2023	Bedoya-Pérez, L.P., Aguiiar-Vera, A., Utrilla, J., Sohlenkamp, C.. (2023). *"Engineering of Robust Host Strains: Enhancing Escherichia coli* Abiotic Stress Resistance through Ornithine Lipid Formation".** bioRxiv. ():-. [doi:https://doi.org/10.1101/2023.06.13.544863]
2023	Marquez-Zavala, E., Utrilla, J.. (2023). "Engineering resource allocation in artificially minimized cells: Is genome reduction the best strategy?". Microbial biotechnology. 16(5):990-999. [doi:10.1111/1751-7915.14233]	36808834
2022	Reyes-González D, De Luna-Valenciano H, Utrilla J, Sieber M, Peña-Miller R, Fuentes-Hernández A. (2022). "Dynamic proteome allocation regulates the profile of interaction of auxotrophic bacterial consortia.". Royal Society open science. 9(5):212008-212008. [doi:10.1098/rsos.212008]	35592760
2022	Hidalgo, D., Martínez-Ortiz, C.A., Palsson, B.O., Jiménez, J.I., Utrilla, J.. (2022). "Regulatory perturbations of ribosome allocation in bacteria reshape the growth proteome with a trade-off in adaptation capacity.". Iscience. 25(3):-. [doi:10.1016/j.isci.2022.103879]	35243241
2021	Hidalgo, D., Martínez-Ortiz, C.A., O. Palsson, B., Jiménez, J.I., Utrilla, J.. (2021). "Regulatory perturbations of ribosome allocation reshape the growth proteome with a trade-off in adaptation capacity". bioRxiv. ():-. [doi:https://doi.org/10.1101/2021.08.01.454633]
2020	Kim, J., Darlington, A., Salvador, M., Utrilla, J., Jiménez, J.I.. (2020). "Trade-offs between gene expression, growth and phenotypic diversity in microbial populations". CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY. 62():29-37. [doi:10.1016/j.copbio.2019.08.004]	31580950
2020	Lastiri-Pancardo, G., Mercado-Hernández, J.S., Kim, J., Jiménez, J.I., Utrilla, J.. (2020). "A quantitative method for proteome reallocation using minimal regulatory interventions.". NATURE CHEMICAL BIOLOGY. 16(9):1026-1033. [doi:10.1038/s41589-020-0593-y]	32661378
2020	de la Cruz, M., Ramírez, E.A., Sigala, J.C., Utrilla, J., Lara, A.R.. (2020). *"Plasmid DNA Production in Proteome-Reduced Escherichia coli* .".** Microorganisms. 8(9):1-8. [doi:10.3390/microorganisms8091444]	32967123
2020	Moreno-Avitia, Fabian, Utrilla, Jose, Bolivar, Francisco, Nogales, Juan, Escalante, Adelfo. (2020). "Metabolic reconstruction ofPseudomonas chlororaphisATCC 9446 to understand its metabolic potential as a phenazine-1-carboxamide-producing strain". Applied Microbiology And Biotechnology. 104(23):10119-10132. [doi:10.1007/s00253-020-10913-4]	32984920
2019	Astudillo-Melgar, Fernando, Ochoa-Leyva, Adrian, Utrilla, Jose, Huerta-Beristain, Gerardo. (2019). "Bacterial Diversity and Population Dynamics During the Fermentation of Palm Wine From Guerrero Mexico.". Frontiers in Microbiology. 10():-. [doi:10.3389/fmicb.2019.00531]	30967846
2018	Latif, H., Federowicz, S., Ebrahim, A., Tarasova, J., Szubin, R., Utrilla, J., Zengler, K., Palsson, B.O.. (2018). "ChIP-exo interrogation of Crp, DNA, and RNAP holoenzyme interactions". Plos One. 13(5):-. [doi:10.1371/journal.pone.0197272]	29771928
2017	Steffani-Vallejo, J.L., Zuñiga, C., Cruz-Morales, P., Lozano, L., Morales, M., Licona-Cassani, C., Revah, S., Utrilla, J.. (2017). *"Draft genome sequence of Sphingobacterium* sp. CZ-UAM, isolated from a methanotrophic consortium".** Microbiology Resource Announcements. 5(33):-. [doi:10.1128/genomeA.00792-17]	28818899
2017	Moreno-Avitia, F., Lozano, L., Utrilla, J., Bolívar, F., Escalante, A.. (2017). *"Draft genome sequence of pseudomonas* chlororaphis ATCC 9446, a nonpathogenic bacterium with bioremediation and industrial potential".** Microbiology Resource Announcements. 5(23):-. [doi:10.1128/genomeA.00474-17]	28596401
2017	Utrilla, Jose. (2017). "Evolutionary Engineering of Microorganisms to Overcome Toxicity During Lignocellulose Hydrolysates Utilization". Engineering of Microorganisms for the Production of Chemicals and Biofuels from Renewable Resources. ():181-200. [doi:https://doi.org/10.1007/978-3-319-51729-2_7]
2016	Utrilla, Jose, Vargas-Tah, Alejandra, Trujillo-Martinez, Berenice, Gosset, Guillermo, Martinez, Alfredo. (2016). *"Production of D-lactate from sugarcane bagasse and corn stover hydrolysates using metabolic engineered Escherichia coli* strains".** BIORESOURCE TECHNOLOGY. 220():208-214. [doi:10.1016/j.biortech.2016.08.067]	27573474
2016	Utrilla, J., O'Brien, E.J., Chen, K., McCloskey, D., Cheung, J., Wang, H., Armenta-Medina, D., Feist, A.M., Palsson, B.O.. (2016). "Global Rebalancing of Cellular Resources by Pleiotropic Point Mutations Illustrates a Multi-scale Mechanism of Adaptive Evolution". Cell systems. 2(4):260-271. [doi:10.1016/j.cels.2016.04.003]	27135538
2010	Orencio-Trejo, M., Utrilla, J., Fernandez-Sandoval, M. T., Huerta-Beristain, G., Gosset, G., Martinez, A.. (2010). *"Engineering the Escherichia coli* Fermentative Metabolism".** Biosystems Engineering II: Linking Cellular Networks And Bioprocesses. 121():71-107. [doi:10.1007/10_2009_61]