Ma. del Socorro Gama Castro

Genómica Computacional Técnico Académico

Tec. Acad. Tit. C T.C. Definitivo

Semblanza

Nació el 19 de Septiembre de 1970 en Zacatlancillo Gro. México. En 1996, obtuvo el título de Biólogo en La Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Siendo becaria de Conacyt, realizó sus estudios de maestría, con especialidad en Ciencias Bioquímicas, en el Instituto de Biotecnología de la UNAM, obteniendo el grado en 2001. Su formación académica se complementa con la participación en siete cursos de capacitación. Su incorporación como personal académico adscrito al Centro de Ciencias Genómicas (CCG) ocurrió en 2001, donde actualmente tiene el nombramiento de técnico académico titular “C”, definitivo. Dentro del Programa de Primas al Desempeño del Personal Académico de Tiempo Completo (PRIDE) ha sido distinguida con el nivel “D”. Por casi diez años, fue integrante del Sistema Nacional de Investigadores, y cinco años miembro honorífico del Sistema Estatal de Investigadores (Morelos).

La maestra Gama cuenta con una sólida formación en biología molecular, microbiología y bioinformática. Esta formación, conjuntando habilidades en biología experimental con análisis computacional, le ha permitido adentrarse en la curación de bases de datos. En lo particular, a ella corresponde la curación de la base de datos RegulonDB y EcoCyc, las más importantes a nivel mundial que concentran datos sobre la regulación transcripcional en Escherichia coli. Su trabajo incluye la evaluación cuidadosa y crítica de cada evidencia experimental que soporta la regulación genética de cada uno de los componentes de estas bases de datos. Asimismo ha adquirido los conocimientos básicos de terminología, con miras a contribuir en la generación de definiciones en español de temas de regulación y genómica.

Su producción científica es amplia, destacando su participación como coautora de 29 publicaciones en revistas internacionales con arbitraje, dos publicaciones en libros internacionales, dos memorias de congresos, un artículo de divulgación, 40 trabajos presentados en congresos nacionales e internacionales y cuatro agradecimientos en publicaciones en revistas internacionales. Cuenta además con una solicitud de patente, actualmente en trámite, por su contribución a RegulonDB. El reconocimiento a su trabajo es evidente en las más de 2800 citas externas a su labor de investigación, con un número de Hirsch de 18. Cabe mencionar también que dos de sus artículos publicados en 2011 fueron seleccionados para la Featured Articles Page de la revista internacional Nucleic Acids Research, donde se concentran el cinco por ciento de las publicaciones de mayor interés en esta Revista. En el 2015, la maestra Gama fue uno de los dos únicos mexicanos que aparecieron en la lista oficial de los investigadores más citados del mundo, reportada por Thomson Reuters, lo cual claramente refleja la importancia de su trabajo e investigación tanto para México, como para el mundo entero. Su trayectoria académica aquí descrita, ha sido reconocida por la UNAM la cual tuvo a bien otorgarle el premio Sor Juana Inés de la Cruz en 2016.

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Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2024Lara, P., Gama-Castro, S., Salgado, H., Rioualen, C., Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado, L.J., Bonavides-Martínez, C., Collado-Vides, J.. (2024). "Flexible gold standards for transcription factor regulatory interactions in Escherichia coli K-12: architecture of evidence types.". Frontiers in Genetics. 15():-. [doi:10.3389/fgene.2024.1353553]38505828
2024Salgado, H., Gama-Castro, S., Lara, P., Mejia-Almonte, C., Alarcón-Carranza, G., López-Almazo, A.G., Betancourt-Figueroa, F., Peña-Loredo, P., Alquicira-Hernández, S., Ledezma-Tejeida, D., Arizmendi-Zagal, L., Mendez-Hernandez, F., Diaz-Gomez, A.K., Ochoa-Praxedis, E., Muñiz-Rascado, L.J., García-Sotelo, J.S., Flores-Gallegos, F.A., Gómez, L., Bonavides-Martínez, C., Del Moral-Chávez, V.M., Hernández-Alvarez, A.J., Santos-Zavaleta, A., Capella-Gutierrez, S., Gelpi, J.L., Collado-Vides, J.. (2024). "RegulonDB v12.0: a comprehensive resource of transcriptional regulation in E. coli K-12.". Nucleic Acids Research. 52(D1):255-264. [doi:10.1093/nar/gkad1072]37971353
2023Lara, P., Gama-Castro, S., Salgado, H., Claire Rioualen, Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado LJ, Bonavides-Martinez, C., Collado-Vides, J.. (2023). "A Gold Standard for Transcription Factor Regulatory Interactions in Escherichia coli K-12: Architecture of Evidence Types". bioRxiv. ():-. [doi:https://doi.org/10.1101/2023.02.25.530038]
2023Karp, P.D., Paley, S., Caspi, R., Kothari, A., Krummenacker, M., Midford, P.E., Moore, L.R., Subhraveti, P., Gama-Castro, S., Tierrafria, V.H., Lara, P., Muñizrascado, L., Bonavides-Martinez, C., Santos-Zavaleta, A., Mackie, A., Sun, G., Ahn-Horst, T.A., Choi, H., Covert, M.W., Collado-Vides, J., Paulsen, I.. (2023). "The EcoCyc Database (2023).". EcoSal Plus. 11(1):-. [doi:10.1128/ecosalplus.esp-0002-2023]37220074
2022Femerling, G., Gama-Castro, S., Lara, P., Ledezma-Tejeida, D., Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado, L., Bonavides-Martínez, C., Collado-Vides, J.. (2022). "Sensory Systems and Transcriptional Regulation in Escherichia coli .". Frontiers in bioengineering and biotechnology. 10():-. [doi:10.3389/fbioe.2022.823240]35237580
2022Tierrafría, V.H., Rioualen, C., Salgado, H., Lara, P., Gama-Castro, S., Lally, P., Gómez-Romero, L., Peña-Loredo, P., López-Almazo, A.G., Alarcón-Carranza, G., Betancourt-Figueroa, F., Alquicira-Hernández, S., Polanco-Morelos, J.E., García-Sotelo, J., Gaytan-Nuñez, E., Méndez-Cruz, C.F., Muñiz, L.J., Bonavides-Martínez, C., Moreno-Hagelsieb, G., Galagan, J.E., Wade, J.T., Collado-Vides, J.. (2022). "RegulonDB 11.0: Comprehensive high-throughput datasets on transcriptional regulation in Escherichia coli K-12.". Microbial genomics. 8(5):-. [doi:10.1099/mgen.0.000833]35584008
2021Díaz-Rodríguez, M., Lithgow-Serrano, O., Guadarrama-García, F., Tierrafría, V.H., Gama-Castro, S., Solano-Lira, H., Salgado, H., Rinaldi, F., Méndez-Cruz, C.F., Collado-Vides, J.. (2021). "Lisen&Curate: A platform to facilitate gathering textual evidence for curation of regulation of transcription initiation in bacteria.". BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS. 1864(11-12):-. [doi:10.1016/j.bbagrm.2021.194753]34461312
2021Lithgow-Serrano, O., Gama-Castro, S., Ishida-Gutiérrez, Collado-Vides, J.. (2021). "L-Regulon: A novel “soft-curation” approach supported by a semantic enriched reading for RegulonDB literature". bioRxiv. ():-. [doi:https://doi.org/10.1101/2020.04.26.062745]
2021Keseler, I.M., Gama-Castro, S., Mackie, A., Billington, R., Bonavides-Martínez, C., Caspi, R., Kothari, A., Krummenacker, M., Midford, P.E., Muñiz-Rascado, L., Ong, W.K., Paley, S., Santos-Zavaleta, A., Subhraveti, P., Tierrafría, V.H., Wolfe, A.J., Collado-Vides, J., Paulsen, I.T., Karp, P.D.. (2021). "The EcoCyc Database in 2021.". Frontiers in Microbiology. 12():-. [doi:10.3389/fmicb.2021.711077]34394059
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2019Santos-Zavaleta, A., Salgado, H., Gama-Castro, S., Sánchez-Pérez, M., Gómez-Romero, L., Ledezma-Tejeida, D., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Muñiz-Rascado, L.J., Peña-Loredo, P., Ishida-Gutiérrez, C., Velázquez-Ramírez, D.A., Del Moral-Chávez, V., Bonavides-Martínez, C., Méndez-Cruz, C.F., Galagan, J., Collado-Vides, J.. (2019). "RegulonDB v 10.5: tackling challenges to unify classic and high throughput knowledge of gene regulation in E. coli K-12". Nucleic Acids Research. 47(D1):212-220. [doi:10.1093/nar/gky1077]30395280
2019Lithgow-Serrano, O., Gama-Castro, S., Ishida-Gutiérrez, C., Mejía-Almonte, C., Tierrafría, V.H., Martínez-Luna, S., Santos-Zavaleta, A., Velázquez-Ramírez, D., Collado-Vides, J.. (2019). "Similarity corpus on microbial transcriptional regulation.". JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS. 10(1):-. [doi:10.1186/s13326-019-0200-x]31118102
2019Tierrafría, V.H., Mejía-Almonte, C., Camacho-Zaragoza, J.M., Salgado, H., Alquicira, K., Ishida, C., Gama-Castro, S., Collado-Vides, J.. (2019). "MCO: towards an ontology and unified vocabulary for a framework-based annotation of microbial growth conditions.". Bioinformatics. 35(5):856-864. [doi:10.1093/bioinformatics/bty689]30137210
2018Santos-Zavaleta, Alberto, Sanchez-Perez, Mishael, Salgado, Heladia, Velazquez-Ramirez, David A., Gama-Castro, Socorro, Tierrafria, Victor H., Busby, Stephen J. W., Aquino, Patricia, Fang, Xin, Palsson, Bernhard O., Galagan, James E., Collado-Vides, Julio. (2018). "A unified resource for transcriptional regulation in Escherichia coli K-12 incorporating high-throughput-generated binding data into RegulonDB version 10.0". BMC BIOLOGY. 16(1):91-91. [doi:10.1186/s12915-018-0555-y]30115066
2017Rinaldi F, Lithgow O, Gama-Castro S, Solano H, Lopez A, Muñiz Rascado LJ, Ishida-Gutiérrez C, Méndez-Cruz CF, Collado-Vides J. (2017). "Strategies towards digital and semi-automated curation in RegulonDB". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017(1):-. [doi:10.1093/database/bax012]28365731
2017Méndez-Cruz CF, Gama-Castro S, Mejía-Almonte C, Castillo-Villalba MP, Muñiz-Rascado LJ, Collado-Vides J. (2017). "First steps in automatic summarization of transcription factor properties for RegulonDB: classification of sentences about structural domains and regulated processes". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017():-. [doi:10.1093/database/bax070]29220462
2017Keseler, I.M., Mackie, A., Santos-Zavaleta, A., Billington, R., Bonavides-Martínez, C., Caspi, R., Fulcher, C., Gama-Castro, S., Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Muñiz-Rascado, L., Ong, Q., Paley, S., Peralta-Gil, M., Subhraveti, P., Velázquez-Ramírez, D.A., Weaver, D., Collado-Vides, J., Paulsen, I., Karp, P.D.. (2017). "The EcoCyc database: reflecting new knowledge about Escherichia coli K-12.". Nucleic Acids Research. 45(D1):543-550. [doi:10.1093/nar/gkw1003]27899573
2016Wang, Qinghua, Abdul, Shabbir S., Almeida, Lara, Ananiadou, Sophia, Balderas-Martinez, Yalbi I., Batista-Navarro, Riza, Campos, David, Chilton, Lucy, Chou, Hui-Jou, Contreras, Gabriela, Cooper, Laurel, Dai, Hong-Jie, Ferrell, Barbra, Fluck, Juliane, Gama-Castro, Socorro, George, Nancy, Gkoutos, Georgios, Irin, Afroza K., Jensen, Lars J., Jimenez, Silvia, Jue, Toni R., Keseler, Ingrid, Madan, Sumit, Matos, Sergio, McQuilton, Peter, Milacic, Marija, Mort, Matthew, Natarajan, Jeyakumar, Pafilis, Evangelos, Pereira, Emiliano, Rao, Shruti, Rinaldi, Fabio, Rothfels, Karen, Salgado, David, Silva, Raquel M., Singh, Onkar, Stefancsik, Raymund, Su, Chu-Hsien, Subramani, Suresh, Tadepally, Hamsa D., Tsaprouni, Loukia, Vasilevsky, Nicole, Wang, Xiaodong, Chatr-Aryamontri, Andrew, Laulederkind, Stanley J. F., Matis-Mitchell, Sherri, McEntyre, Johanna, Orchard, Sandra, Pundir, Sangya, Rodriguez-Esteban, Raul, Van Auken, Kimberly, Lu, Zhiyong, Schaeffer, Mary, Wu, Cathy H., Hirschman, Lynette, Arighi, Cecilia N.. (2016). "Overview of the interactive task in BioCreative V". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2016():-. [doi:10.1093/database/baw119]27589961
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2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
2014Gama, M., Rinaldi, F., López, A., Balderas, Y., Clematide, S., Ellendorff, T.R., Santos, A., Marques-Madeira, H., Collado, P.. (2014). "Assisted curation of regulatory interactions and growth conditions of OxyR in E. Colik-12". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2014():-. [doi:10.1093/database/bau049]24903516
2014Meysman, P., Sonego, P., Bianco, L., Fu, Q., Ledezma, D., Gama, M., Liebens, V., Laukens, K., Marchal, K., Collado, P., Engelen, K.. (2014). "COLOMBOS v2.0: An ever expanding collection of bacterial expression compendia". Nucleic Acids Research. 42(D1):649-653. [doi:10.1093/nar/gkt1086]24214998
2013Salgado, H., Peralta, M., Gama, M., Santos, A., Muñíz, L., Garcia, J., Weiss, V., Solano, H., Martínez, I., Medina, A., Salgado, G., Alquicira, S., Alquicira, K., López, A., Porrón, L., Huerta, A., Bonavides, C., Balderas, Y., Pannier, L., Olvera, M., Labastida, A., Jiménez-Jacinto, V., Vega-Alvarado, L., del Moral, V., Hernández, A., Morett, E., Collado, P.. (2013). "RegulonDB v8.0: Omics data sets, evolutionary conservation, regulatory phrases, cross-validated gold standards and more". Nucleic Acids Research. 41(D1):203-213. [doi:10.1093/nar/gks1201]23203884
2013Keseler, I.M., Mackie, A., Peralta, M., Santos, A., Gama, M., Bonavides, C., Fulcher, C., Huerta, A., Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Muñíz, L., Ong, Q., Paley, S., Schroder, I., Shearer, A.G., Subhraveti, P., Travers, M., Weerasinghe, D., Weiss, V., Collado, P., Gunsalus, R.P., Paulsen, I., Karp, P.D.. (2013). "EcoCyc: Fusing model organism databases with systems biology". Nucleic Acids Research. 41(D1):605-612. [doi:10.1093/nar/gks1027]23143106
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2011Gama, M., Salgado, H., Peralta, M., Santos, A., Muñíz, L., Solano, H., Jimenez-Jacinto, V., Weiss, V., Garcia, J., López, A., Porrón, L., Alquicira, S., Medina, A., Martínez, I., Alquicira, K., Martínez, R., Bonavides, C., Miranda-Ríos, J., Huerta, A., Mendoza-Vargas, A., Collado, L., Taboada, B., Vega-Alvarado, L., Olvera, M., Olvera, L., Grande, R., Morett, E., Collado, P.. (2011). "RegulonDB version 7.0: Transcriptional regulation of Escherichia coli K-12 integrated within genetic sensory response units (Gensor Units)". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):98-105. [doi:10.1093/nar/gkq1110]21051347
2011Keseler, I.M., Collado, P., Santos, A., Peralta, M., Gama, M., Muñíz, L., Bonavides, C., Paley, S., Krummenacker, M., Altman, T., Spaulding, A., Spaulding, A., Pacheco, J., Latendresse, M., Fulcher, C., Sarker, M., Shearer, A.G., Mackie, A., Paulsen, I., Gunsalus, R.P., Karp, P.D.. (2011). "EcoCyc: A comprehensive database of Escherichia coli biology". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):583-590. [doi:10.1093/nar/gkq1143]21097882
2009Collado-Vides, Julio, Salgado, Heladia, Morett, Enrique, Gama-Castro, Socorro, Jimenez-Jacinto, Veronica, Martinez-Flores, Irma, Medina-Rivera, Alejandra, Muniz-Rascado, Luis, Peralta-Gil, Martin, Santos-Zavaleta, Alberto. (2009). "Bioinformatics resources for the study of gene regulation in bacteria". Journal Of Bacteriology. 91(1):23-31. [doi:10.1128/JB.01017-08]18978060
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