Pedro Julio Collado Vides

Genómica Computacional Investigador

Inv. Emérito

Semblanza

El Dr. Julio Collado realizó sus estudios de licenciatura, maestría y doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM); tras una estancia posdoctoral de tres años en el Massachusetts Institute of Technology (MIT) en Boston, se incorpora a la UNAM donde ha hecho su carrera desde que regresó en 1992.
El Dr. Collado contribuido a la creación y fortalecimiento de instituciones científicas mexicanas en la bioinformática y genómica. Asimismo, es referencia nacional y latinoamericana, reconocido a nivel mundial en la bioinformática, disciplina de creciente relevancia en las ciencias genómicas. Los logros fundamentales de su carrera científica son los siguientes:

Pionero e impulsor de la bioinformática y la genómica en México.
Se incorpora a la UNAM en 1992 siendo el primer investigador dedicado a la bioinformática en nuestro país. En el 2000 logra el reconocimiento de su laboratorio en la UNAM como el Nodo Nacional de Bioinformática dentro de la agrupación internacional EMBNET. En colaboración con colegas experimentalistas, se conforma un equipo de trabajo que publica el primer genoma completo secuenciado en nuestro país, el de la bacteria Rhizobium etli fjadora de nitrógeno, gracias a un donativo de 2.4 millones de dólares de Conacyt del cual funge como responsable. Este trabajo marca el inicio de la participación de México en la Genómica, contribuyendo en forma central a la creación de la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) en 2003 y a la gestación del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) en 2005. Funda la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas (2001-2004) y es designado Director del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM (2005-2009), tomando la responsabilidad del período inicial de una de las instituciones pioneras de la genómica y la bioinformática en nuestro país. Siendo director arranca los seminarios “Frontiers in Genomics” (http://www.lcg.unam.mx/frontiers/) los cuales se siguen realizando a la fecha enriqueciendo la cultura genómica tanto de los alumnos de la LCG, como de diversas instituciones de investigación y docencia en el país vía señal digital en vivo. Fue Presidente fundador de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática en 2009. En años recientes ha incursionado en actividades de innovación en la relación hombre-conocimiento al romper la separación entre difusión, educación y comunicación entre expertos, con Conogasi (www.conogasi.org) una red social de conocimiento ordenado por niveles de entendimiento.

Docencia y divulgación innovadora. El Dr. Collado y personal ligado a su laboratorio han impartido los cursos de bioinformática y computación de la LCG desde su inicio. La LCG es un pilar fundamental para el futuro de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país, con egresados ya reconocidos en las mejores instituciones del mundo en el área. Ha dirigido a 12 posdoctorales, 13 alumnos de posgrado (10 de doctorado, 3 de maestría) y 7 de licenciatura. En México egresados de su laboratorio son investigadores en la UNAM: en el Instituto de Biotecnología, en el Centro de Ciencias Genómicas, en el Laboratorio Internacional sobre el Genoma Humano en Querétaro y en el Instituto de Matemáticas Aplicadas y Sistemas en Mérida. Así como en en Instituto Nal. de Enfermedades Respiratorias (INER), LANGEBIO, INMEGEN y CINVESTAV. Más allá de nuestras fronteras, egresados de su laboratorio son o han sido investigadores en Canadá, Francia, España y Cuba. Participó en el diseño de la Licenciatura en Tecnologías para la Información en Ciencias de la UNAM-Morelia. El Nodo Nacional de Bioinformática a su cargo ha organizado los “Talleres Internacionales de Bioinformática” por varios años, siendo ésta la actividad docente extracurricular de bioinformática de mayor impacto y envergadura que se realiza desde hace años en el país, en beneficio a la fecha de más de 670 inscritos (alumnos, académicos, posdocs e incluso investigadores) con 7 talleres impartidos a la fecha (http://www.nnb.unam.mx/). Las contribuciones académicas del Dr. Julio Collado se han realizado predominantemente en México. Adicionalmente ha generado con su equipo el sitio conogasi.org de divulgación del conocimiento en que busca conectar textos para expertos con textos equivalentes de divulgación del conocimiento.

Obra original altamente citada. La obra del Dr. Collado se caracteriza por su gran originalidad desde el inicio de su carrera, con contribuciones pioneras en la bioinformática de la genómica microbiana. El modelo gramatical de la regulación genética producto de su doctorado, se fundamenta en el posdoctorado con la demostración matemática, sentando la base teórica para algoritmos genómicos novedosos que desarrolla a su regreso en México. Hace la primer recopilación integrativa de promotores microbianos en un trabajo ya clásico altamente citado, el cual constituye la semilla de las bases de datos RegulonDB y EcoCyc, ambas referencia internacional en el tema, las cuales aglomeran más citas a la fecha que las bases de datos de otros modelos genómicos como la levadura, C.elegans y Drosophila. Nace así la bioinformática de la regulación genómica microbiana, con predicciones y análisis del genoma completo de Escherichia coli, con la publicación en Science en 1997 del genoma de dicha bacteria, del cual es coautor. Dicho artículo es el más citado en la primer década posterior a su publicación. No es de sorprender que la obra del Dr. Collado, con más de 130 publicaciones internacionales a la fecha, tenga (Fuente: Scopus) 15,657 citas (14,393 sin autocitas), con un índice H de 45 ((Total de citas: 25,494 con índice H =56; fuente: Google Scholar). Por ejemplo, un artículo en la revista Nature en el 2008 cita siete distintos trabajos del Dr. Collado.
El Dr. Collado ha generado y sigue generando cambios conceptuales y nuevos métodos en la forma de modelar y concebir la regulación microbiana: el enfoque “sintáctico” o modular de la regulación es ya un concepto establecido en la regulación microbiana y de organismos superiores; la visión de sitios próximos y remotos publicada en 1992, mantiene su validez a la fecha; el análisis genómico pionero en Escherichia coli de la regulación genética es ya rutina en las ciencias genómicas; RegulonDB es fundamental para la biología de sistemas y la regulación microbiana, así como para generar y evaluar nuevos conceptos y métodos bioinformáticos a nivel genómico de redes de regulación. Su laboratorio acuñó el concepto de “genetic sensory-response units” con dos publicaciones al respecto. Recientemente publicó una redefinición de los conceptos básicos de la regulación microbiana en Nature Reviews Genetics (2020).

Reconocimiento de prestigio nacional e internacional.
La elevada calidad de su trabajo le ha granjeado reconocimientos de gran prestigio nacional e internacional desde temprana edad, como son el Premio Universidad Nacional por Investigación en Ciencias Naturales a sus 48 años, (2004) y el Premio Nacional en Ciencias y Artes (2011) en el área de Ciencias Físico-matemáticas y Naturales, en “bioinformática” como se mencionara en la entrega del premio. Es miembro del Sistema Nacional de Investigadores desde 1992 y designado nivel 3 desde 2001 (a sus 44 años).
A nivel internacional fue becario de la Fundación John Simon Guggenheim (1992); fue Robert F. Kennedy Visiting Professorship de la Universidad de Harvard (2007), reconocimiento otorgado a muy pocos científicos latinoamericanos, y el Premio Scopus de Elsevier en el 2007. Ha sido reconocido como “ISCB Distinguished Fellow Class 2015” (único latinoamericano actualmente) de la International Society for Computational Biology” (http://www.iscb.org/iscb-fellows) y más recientemente reconocido entre los científicos más citados en el mundo durante el 2015 por Thomson Reuters. Ver: http://stateofinnovation.thomsonreuters.com/worlds-most-influential-scientific-minds-report-2015. Es de los pocos con donativos de los Institutos Nacionales de Salud de EU (NIH por sus siglas en inglés) como investigador principal/responsable en nuestro país. Ha obtenido donativos de NIH en cuatro ciclos: 2000-04; 2004-08; 2008-12 y 2015-18. Asimismo es miembro permanente del “Genomics, Computational Biology and Technology” Study Section del NIH, comité evaluador de donativos del NIH. Fue miembro del Board of Directors de la International Society for Computational Biology y desde 2018 es Profesor Adjunto del Departamento de Bioingeniería de la Universidad de Boston.
El Dr. Collado es el científico mexicano de mayor prestigio nacional e internacional en bioinformática, con una obra original, altamente citada, pionera y ahora clásica; pilar del surgimiento de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país.

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Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2024Lara, P., Gama-Castro, S., Salgado, H., Rioualen, C., Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado, L.J., Bonavides-Martínez, C., Collado-Vides, J.. (2024). "Flexible gold standards for transcription factor regulatory interactions in Escherichia coli K-12: architecture of evidence types.". Frontiers in Genetics. 15():-. [doi:10.3389/fgene.2024.1353553]38505828
2024Salgado, H., Gama-Castro, S., Lara, P., Mejia-Almonte, C., Alarcón-Carranza, G., López-Almazo, A.G., Betancourt-Figueroa, F., Peña-Loredo, P., Alquicira-Hernández, S., Ledezma-Tejeida, D., Arizmendi-Zagal, L., Mendez-Hernandez, F., Diaz-Gomez, A.K., Ochoa-Praxedis, E., Muñiz-Rascado, L.J., García-Sotelo, J.S., Flores-Gallegos, F.A., Gómez, L., Bonavides-Martínez, C., Del Moral-Chávez, V.M., Hernández-Alvarez, A.J., Santos-Zavaleta, A., Capella-Gutierrez, S., Gelpi, J.L., Collado-Vides, J.. (2024). "RegulonDB v12.0: a comprehensive resource of transcriptional regulation in E. coli K-12.". Nucleic Acids Research. 52(D1):255-264. [doi:10.1093/nar/gkad1072]37971353
2023Lara, P., Gama-Castro, S., Salgado, H., Claire Rioualen, Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado LJ, Bonavides-Martinez, C., Collado-Vides, J.. (2023). "A Gold Standard for Transcription Factor Regulatory Interactions in Escherichia coli K-12: Architecture of Evidence Types". bioRxiv. ():-. [doi:https://doi.org/10.1101/2023.02.25.530038]
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2023Karp, P.D., Paley, S., Caspi, R., Kothari, A., Krummenacker, M., Midford, P.E., Moore, L.R., Subhraveti, P., Gama-Castro, S., Tierrafria, V.H., Lara, P., Muñizrascado, L., Bonavides-Martinez, C., Santos-Zavaleta, A., Mackie, A., Sun, G., Ahn-Horst, T.A., Choi, H., Covert, M.W., Collado-Vides, J., Paulsen, I.. (2023). "The EcoCyc Database (2023).". EcoSal Plus. 11(1):-. [doi:10.1128/ecosalplus.esp-0002-2023]37220074
2022Tierrafría, V.H., Rioualen, C., Salgado, H., Lara, P., Gama-Castro, S., Lally, P., Gómez-Romero, L., Peña-Loredo, P., López-Almazo, A.G., Alarcón-Carranza, G., Betancourt-Figueroa, F., Alquicira-Hernández, S., Polanco-Morelos, J.E., García-Sotelo, J., Gaytan-Nuñez, E., Méndez-Cruz, C.F., Muñiz, L.J., Bonavides-Martínez, C., Moreno-Hagelsieb, G., Galagan, J.E., Wade, J.T., Collado-Vides, J.. (2022). "RegulonDB 11.0: Comprehensive high-throughput datasets on transcriptional regulation in Escherichia coli K-12.". Microbial genomics. 8(5):-. [doi:10.1099/mgen.0.000833]35584008
2022Femerling, G., Gama-Castro, S., Lara, P., Ledezma-Tejeida, D., Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado, L., Bonavides-Martínez, C., Collado-Vides, J.. (2022). "Sensory Systems and Transcriptional Regulation in Escherichia coli .". Frontiers in bioengineering and biotechnology. 10():-. [doi:10.3389/fbioe.2022.823240]35237580
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2021Keseler, I.M., Gama-Castro, S., Mackie, A., Billington, R., Bonavides-Martínez, C., Caspi, R., Kothari, A., Krummenacker, M., Midford, P.E., Muñiz-Rascado, L., Ong, W.K., Paley, S., Santos-Zavaleta, A., Subhraveti, P., Tierrafría, V.H., Wolfe, A.J., Collado-Vides, J., Paulsen, I.T., Karp, P.D.. (2021). "The EcoCyc Database in 2021.". Frontiers in Microbiology. 12():-. [doi:10.3389/fmicb.2021.711077]34394059
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2021Díaz-Rodríguez, M., Lithgow-Serrano, O., Guadarrama-García, F., Tierrafría, V.H., Gama-Castro, S., Solano-Lira, H., Salgado, H., Rinaldi, F., Méndez-Cruz, C.F., Collado-Vides, J.. (2021). "Lisen&Curate: A platform to facilitate gathering textual evidence for curation of regulation of transcription initiation in bacteria.". BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS. 1864(11-12):-. [doi:10.1016/j.bbagrm.2021.194753]34461312
2020Méndez-Cruz, C.F., Blanchet, A., Godínez, A., Arroyo-Fernández, I., Gama-Castro, S., Martínez-Luna, S.B., González-Colín, C., Collado-Vides, J.. (2020). "Knowledge extraction for assisted curation of summaries of bacterial transcription factor properties.". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2020():-. [doi:10.1093/database/baaa109]33306798
2020Villaseñor-Altamirano AB, Moretto M, Maldonado M, Zayas-Del Moral A, Munguía-Reyes A, Romero Y, García-Sotelo JS, Aguilar LA, Aldana-Assad O, Engelen K, Selman M, Collado-Vides J, Balderas-Martínez YI, Medina-Rivera A. (2020). "PulmonDB: a curated lung disease gene expression database.". SCIENTIFIC REPORTS. 10(1):514-514. [doi:10.1038/s41598-019-56339-5]31949184
2020Mejía-Almonte, C., Busby, S.J.W., Wade, J.T., van Helden, J., Arkin, A.P., Stormo, G.D., Eilbeck, K., Palsson, B.O., Galagan, J.E., Collado-Vides, J.. (2020). "Redefining fundamental concepts of transcription initiation in bacteria". NATURE REVIEWS GENETICS. 21(11):699-714. [doi:10.1038/s41576-020-0254-8]32665585
2019Lithgow-Serrano, O., Collado-Vides, J.. (2019). "In the pursuit of semantic similarity for literature on microbial transcriptional regulation". JOURNAL OF INTELLIGENT & FUZZY SYSTEMS. 36(5):4777-4786. [doi:10.3233/JIFS-179026]
2019Santos-Zavaleta, A., Salgado, H., Gama-Castro, S., Sánchez-Pérez, M., Gómez-Romero, L., Ledezma-Tejeida, D., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Muñiz-Rascado, L.J., Peña-Loredo, P., Ishida-Gutiérrez, C., Velázquez-Ramírez, D.A., Del Moral-Chávez, V., Bonavides-Martínez, C., Méndez-Cruz, C.F., Galagan, J., Collado-Vides, J.. (2019). "RegulonDB v 10.5: tackling challenges to unify classic and high throughput knowledge of gene regulation in E. coli K-12". Nucleic Acids Research. 47(D1):212-220. [doi:10.1093/nar/gky1077]30395280
2019Santos-Zavaleta, A., Pérez-Rueda, E., Sánchez-Pérez, M., Velázquez-Ramírez, D.A., Collado-Vides, J.. (2019). "Tracing the phylogenetic history of the Crl regulon through the Bacteria and Archaea genomes.". Bmc Genomics. 20(1):-. [doi:10.1186/s12864-019-5619-z]30991941
2019Tierrafría, V.H., Mejía-Almonte, C., Camacho-Zaragoza, J.M., Salgado, H., Alquicira, K., Ishida, C., Gama-Castro, S., Collado-Vides, J.. (2019). "MCO: towards an ontology and unified vocabulary for a framework-based annotation of microbial growth conditions.". Bioinformatics. 35(5):856-864. [doi:10.1093/bioinformatics/bty689]30137210
2019Rioualen, C., Charbonnier-Khamvongsa, L., Collado-Vides, J., van Helden, J.. (2019). "Integrating Bacterial ChIP-seq and RNA-seq Data With SnakeChunks.". Current Protocols in Bioinformatics. 66(1):-. [doi:10.1002/cpbi.72]30786165
2019Lithgow-Serrano, O., Gama-Castro, S., Ishida-Gutiérrez, C., Mejía-Almonte, C., Tierrafría, V.H., Martínez-Luna, S., Santos-Zavaleta, A., Velázquez-Ramírez, D., Collado-Vides, J.. (2019). "Similarity corpus on microbial transcriptional regulation.". JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS. 10(1):-. [doi:10.1186/s13326-019-0200-x]31118102
2019Ledezma-Tejeida D, Altamirano-Pacheco L, Fajardo V, Collado-Vides J. (2019). "Limits to a classic paradigm: most transcription factors in E. coli regulate genes involved in multiple biological processes.". Nucleic Acids Research. 47(13):6656-6667. [doi:10.1093/nar/gkz525]31194874
2018Santos-Zavaleta, Alberto, Sanchez-Perez, Mishael, Salgado, Heladia, Velazquez-Ramirez, David A., Gama-Castro, Socorro, Tierrafria, Victor H., Busby, Stephen J. W., Aquino, Patricia, Fang, Xin, Palsson, Bernhard O., Galagan, James E., Collado-Vides, Julio. (2018). "A unified resource for transcriptional regulation in Escherichia coli K-12 incorporating high-throughput-generated binding data into RegulonDB version 10.0". BMC BIOLOGY. 16(1):91-91. [doi:10.1186/s12915-018-0555-y]30115066
2018Salgado, H., Martínez-Flores, I., Bustamante, V.H., Alquicira-Hernández, K., García-Sotelo, J.S., García-Alonso, D., Collado-Vides, J.. (2018). "Using RegulonDB, the Escherichia coli K-12 Gene Regulatory Transcriptional Network Database.". Current Protocols in Bioinformatics. 61(1):1321-13230. [doi:10.1002/cpbi.43]30040192
2018Balderas-Martinez, Y. I., Moreno-Quiroga, B., Negreros, M., Ledezma-Tejeida, D., Pardo, A., Collado-Vides, J., Selman, M.. (2018). "Proof of Concept of Eukaryotic Genetic Sensory Response Units in TGF-beta Signaling in Idiopathic Pulmonary Fibrosis". AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE. 197():-.
2018Villasenor-Altamirano, A. B., Balderas-Martinez, Y. I., Moretto, M., Zayas-Del Moral, A., Maldonado, M., Munguia-Reyes, A., Garcia-Sotelo, J. S., Aguilar Bautista, L. A., Ramirez-Navarro, L., Santillan, O., Engelen, K., Selman, M., Medina-Rivera, A., Collado-Vides, J.. (2018). "PulmonDB: A Gene Expression Lung Diseases". AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE. 197():-.
2017Méndez-Cruz CF, Gama-Castro S, Mejía-Almonte C, Castillo-Villalba MP, Muñiz-Rascado LJ, Collado-Vides J. (2017). "First steps in automatic summarization of transcription factor properties for RegulonDB: classification of sentences about structural domains and regulated processes". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017():-. [doi:10.1093/database/bax070]29220462
2017Keseler, I.M., Mackie, A., Santos-Zavaleta, A., Billington, R., Bonavides-Martínez, C., Caspi, R., Fulcher, C., Gama-Castro, S., Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Muñiz-Rascado, L., Ong, Q., Paley, S., Peralta-Gil, M., Subhraveti, P., Velázquez-Ramírez, D.A., Weaver, D., Collado-Vides, J., Paulsen, I., Karp, P.D.. (2017). "The EcoCyc database: reflecting new knowledge about Escherichia coli K-12.". Nucleic Acids Research. 45(D1):543-550. [doi:10.1093/nar/gkw1003]27899573
2017Castillo-Villalba MP, Gomez-Romero, Laura, Collado-Vides, Julio. (2017). "Genetic-metabolic networks can be modeled as toric varities". arXiv. ():-. [doi:arXiv:1708.05384v1]
2017Balderas-Martínez YI, Rinaldi F, Contreras G, Solano-Lira H, Sánchez-Pérez M, Collado-Vides J, Selman M, Pardo A. (2017). "Improving biocuration of microRNAs in diseases: a case study in idiopathic pulmonary fibrosis". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017():-. [doi:10.1093/database/bax030]28605770
2017Rinaldi F, Lithgow O, Gama-Castro S, Solano H, Lopez A, Muñiz Rascado LJ, Ishida-Gutiérrez C, Méndez-Cruz CF, Collado-Vides J. (2017). "Strategies towards digital and semi-automated curation in RegulonDB". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017(1):-. [doi:10.1093/database/bax012]28365731
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2016Moretto, M., Sonego, P., Dierckxsens, N., Brilli, M., Bianco, L., Ledezma-Tejeida, D., Gama-Castro, S., Galardini, M., Romualdi, C., Laukens, K., Collado-Vides, J., Meysman, P., Engelen, K.. (2016). "COLOMBOS v3.0: Leveraging gene expression compendia for cross-species analyses". Nucleic Acids Research. 44(D1):620-623. [doi:10.1093/nar/gkv1251]26586805
2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
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