Shirley Alquicira Hernández

Genómica Computacional Técnico Académico
Unidad de Administración de Tecnologías de Información Técnico Académico

Tec. Acad. Tit. A T.C. Obra Det.

Semblanza

Estudió la Ingeniería en Informática y la Maestría en Tecnologías de la Información en la Universidad Politécnica del Estado de Morelos (UPEMOR). Desde 2009, trabaja en el Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la UNAM.

Es miembro del Sistema Estatal de Investigadores del Estado de Morelos desde el 2014.

Sus contribuciones en el área de Bioinformática, han sido colaborando en proyectos de investigación y de desarrollo de software en el “Programa de Genómica Computacional (PGC)”, participando en la implementación de mejores prácticas en la planificación y desarrollo de los mismos, así como en la gestión y administración de bases de conocimiento. Ha participado en la implantación del Modelo de Procesos para la Industria de Software (MoProSoft) nivel I y II en el PGC, y funge como responsable del proceso de Conocimiento de la Organización en diferentes grupos de investigación. Actualmente es Técnico Académico Titular “A” de tiempo completo y recientemente se incorporó a la Unidad de Administración de Tecnologías de Información (UATI) del CCG. Su trabajo ha contribuido a la publicación de varios artículos en revistas internacionales, entre otros productos.

En el ámbito académico y de divulgación, ha participado como profesora en distintas asignaturas de la Licenciatura en Ciencias Genómicas y en el Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas de la UNAM, así como en la Facultad de Ciencias de la UAEM. También, forma parte del comité directivo del Nodo Nacional de Bioinformática (NNBCCG), así como del comité organizador de actividades académicas sobresalientes del CCG-UNAM como son los “Talleres Internacionales de Bioinformática”, que se han celebrado desde hace más de 10 años.

Es instructora certificada de Software Carpentry, programa enfocado a promover conceptos pedagógicos y buenas prácticas de enseñanza.

Es miembro fundador de la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) y funge como responsable de la gestión de proyectos de la misma.

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Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2024Salgado, H., Gama-Castro, S., Lara, P., Mejia-Almonte, C., Alarcón-Carranza, G., López-Almazo, A.G., Betancourt-Figueroa, F., Peña-Loredo, P., Alquicira-Hernández, S., Ledezma-Tejeida, D., Arizmendi-Zagal, L., Mendez-Hernandez, F., Diaz-Gomez, A.K., Ochoa-Praxedis, E., Muñiz-Rascado, L.J., García-Sotelo, J.S., Flores-Gallegos, F.A., Gómez, L., Bonavides-Martínez, C., Del Moral-Chávez, V.M., Hernández-Alvarez, A.J., Santos-Zavaleta, A., Capella-Gutierrez, S., Gelpi, J.L., Collado-Vides, J.. (2024). "RegulonDB v12.0: a comprehensive resource of transcriptional regulation in E. coli K-12.". Nucleic Acids Research. 52(D1):255-264. [doi:10.1093/nar/gkad1072]37971353
2022Tierrafría, V.H., Rioualen, C., Salgado, H., Lara, P., Gama-Castro, S., Lally, P., Gómez-Romero, L., Peña-Loredo, P., López-Almazo, A.G., Alarcón-Carranza, G., Betancourt-Figueroa, F., Alquicira-Hernández, S., Polanco-Morelos, J.E., García-Sotelo, J., Gaytan-Nuñez, E., Méndez-Cruz, C.F., Muñiz, L.J., Bonavides-Martínez, C., Moreno-Hagelsieb, G., Galagan, J.E., Wade, J.T., Collado-Vides, J.. (2022). "RegulonDB 11.0: Comprehensive high-throughput datasets on transcriptional regulation in Escherichia coli K-12.". Microbial genomics. 8(5):-. [doi:10.1099/mgen.0.000833]35584008
2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
2013Salgado, H., Peralta, M., Gama, M., Santos, A., Muñíz, L., Garcia, J., Weiss, V., Solano, H., Martínez, I., Medina, A., Salgado, G., Alquicira, S., Alquicira, K., López, A., Porrón, L., Huerta, A., Bonavides, C., Balderas, Y., Pannier, L., Olvera, M., Labastida, A., Jiménez-Jacinto, V., Vega-Alvarado, L., del Moral, V., Hernández, A., Morett, E., Collado, P.. (2013). "RegulonDB v8.0: Omics data sets, evolutionary conservation, regulatory phrases, cross-validated gold standards and more". Nucleic Acids Research. 41(D1):203-213. [doi:10.1093/nar/gks1201]23203884
2011Gama, M., Salgado, H., Peralta, M., Santos, A., Muñíz, L., Solano, H., Jimenez-Jacinto, V., Weiss, V., Garcia, J., López, A., Porrón, L., Alquicira, S., Medina, A., Martínez, I., Alquicira, K., Martínez, R., Bonavides, C., Miranda-Ríos, J., Huerta, A., Mendoza-Vargas, A., Collado, L., Taboada, B., Vega-Alvarado, L., Olvera, M., Olvera, L., Grande, R., Morett, E., Collado, P.. (2011). "RegulonDB version 7.0: Transcriptional regulation of Escherichia coli K-12 integrated within genetic sensory response units (Gensor Units)". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):98-105. [doi:10.1093/nar/gkq1110]21051347